Алпизарин обладает противовирусной активностью в отношении вирусов: Herpes simplex 1 и 2 типа, Herpes zoster, Varicella zoster, цитомегаловирусов. В опытах in vitro показан ингибирующий эффект тетрагидроксиглюкопиранозилксантена в отношении вируса иммунодефицита человека.
Ингибирующее действие препарата на репродукцию вируса особенно проявляется на ранних этапах его развития. Алпизарин не влияет на активность вирусной нейраминидазы.
Алпизарин обладает иммуностимулирующими свойствами в отношении клеточного и гуморального иммунитета, способностью индуцировать продукцию гамма-интерферона в клетках крови.
Алпизарин ингибирует рост грамотрицательных (Escherichia coli) и грамположительных (Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis) бактерий, грибов (Microsporum canis) и патогенных простейших (Entamoeba histolytica, Trichomonas vaginalis). В основе механизма действия препарата лежит способность подавления активности бактериальной нуклеазы. Алпизарин обладает умеренным противовоспалительным действием.